La procédure de compensation peut se révéler dangereuse : si, au terme du contrat, l'équivalence écologique du terrain sur lequel a été menée une opération de compensation est modifiée, l'opération se sera soldée par une perte de biodiversité. Comment garantir que le terrain conserve sa fonction de restauration de la biodiversité sur le long terme ? Peut-être faudrait-il penser à une protection juridique de type « réserve naturelle », sachant, par exemple, que dans l'opération de la plaine de la Crau, le contrat dure trente ans et rien ne garantit la préservation de la biodiversité restaurée au terme de cette période.