L'amendement proposé permet de ne pas pénaliser les petites communes rurales et leurs EPCI, et de relancer le dispositif de contractualisation – chartes et contrats Natura 2000 –, actuellement largement sous-utilisé. Cette relance est nécessaire pour permettre à l'État de remplir ses engagements communautaires et prévenir une potentielle condamnation de la France par la Cour de Justice de l'Union européenne.