Le secret médical a pu être invoqué, en effet. Des personnels de l'établissement de préparation et de réponse aux urgences sanitaires (EPRUS), qui est en quelque sorte la force de frappe du ministère de la santé, étaient présents au sein de la cellule interministérielle, mais on ne leur donnait pas l'information.
Il y a aussi le secret professionnel, s'agissant des victimes qui ont été accueillies par les cellules d'urgence médico-psychologique (CUMP). C'est là aussi une réelle difficulté en ce qui concerne le recensement des victimes. À l'École militaire, une personne de la Croix-Rouge relevait les coordonnées de chaque personne qui se présentait, mais elle les gardait pour la Croix-Rouge. De toute façon, à l'École militaire, il n'y avait pas de liaison internet pour communiquer avec la CIAV. Tous ces petits dérèglements se sont accumulés et ont compliqué la gestion opérationnelle.