Les compétences sont clairement réparties entre l'assurance maladie et les ARS. La CNAMTS contrôle les facturations et les dépenses d'assurance maladie des établissements, des professionnels libéraux, de l'HAD et du médico-social, cette responsabilité de l'assurance maladie n'ayant pas été modifiée par la loi du 21 juillet 2009 portant réforme de l'hôpital et relative aux patients, à la santé et aux territoires (HPST). Le contrôle des conditions d'hygiène et de la pratique médicale relève, lui, des ARS.