La mission PIA, en tant que telle, réunit une dizaine de personnes qui s'occupent de l'ensemble du pilotage des actions : négociation et suivi des conventions, questions relatives aux facturations, préparation des budgets, coordination de la relation avec le CGI etc. Mais l'instruction des programmes dont la Caisse des dépôts a la charge mobilise quarante-cinq équivalents-temps plein au sein des différentes directions. Ils assurent la mise en oeuvre opérationnelle des programmes en instruisant les projets, en assurant la relation avec les porteurs de projets et les élus au niveau territorial… Environ cinquante-cinq personnes gèrent ainsi des actions dont le budget total s'élève à 8 milliards d'euros sur les 12 milliards du PIA. Les rôles de la Caisse peuvent varier selon la nature des actions concernées : il s'agit parfois seulement de gestion administrative et financière ; dans d'autres cas elle a une responsabilité d'instruction, d'identification de projets…