Si le codage des actes s'est mis en place assez facilement – étant précisé que l'établissement de la classification commune des actes médicaux a tout de même pris quelques années –, ce qui s'explique en partie par le fait que la facturation des soins dépendait de sa bonne application, le principe du codage des pathologies dans le cadre de la médecine de ville, qui figure à l'article L. 161-29 du code de la sécurité sociale, se heurte effectivement à des difficultés d'application d'ordre pratique. D'une part, les généralistes sont confrontés à la difficulté d'établir un diagnostic avec certitude, d'autre part le codage implique le recours à une classification connue, dont le maniement est loin d'être aisé.
Sur un plan pratique, le codage des pathologies se traduirait par une augmentation du temps consacré à chaque patient venant en consultation. Cela dit, il est permis de penser que l'évolution de l'environnement technologique des cabinets médicaux pourrait faciliter sa mise en application : les logiciels médicaux peuvent aujourd'hui documenter les dossiers des patients, ce qui n'était pas le cas en 1993. Le partage avec l'assurance maladie des informations susceptibles d'être recueillies soulève d'autres questions, et il convient de rappeler que les données collectées ne pourraient être transmises qu'aux médecins-conseils, conformément aux dispositions légales. En tout état de cause, c'est sans doute par le biais de cet appui technologique qu'il pourrait être envisagé de mettre en application le principe, déjà existant sur le plan légal, du codage généralisé des pathologies – sous réserve de procéder à une clarification de la nomenclature utilisée, et étant rappelée la difficulté pour un généraliste de poser un diagnostic avec certitude, surtout quand il n'a vu le patient qu'une ou deux fois.