Mme Chantal Guittet alerte Mme la ministre de l'écologie, du développement durable et de l'énergie sur les difficultés de financement et de fonctionnement pour le portage de la politique Natura 2000. Ces difficultés sont de trois ordres. Les collectivités locales, porteurs de site Natura 2000, avancent le financement des actions et des salaires. Or elles sont aujourd'hui régulièrement confrontées à un retard des remboursements par l'État, lequel affecte leur équilibre budgétaire. Le temps consacré aux demandes d'aide et de paiement apparaît en outre disproportionné et ampute celui consacré aux objectifs même de Natura 2000, à savoir la conservation des habitats et espèces. Enfin, l'absence de visibilité de l'engagement financier de l'État rend difficile le choix de pérenniser les postes dévolus à cette mission. La commune finistérienne de Guissény, déjà lauréate du grand prix Natura 2000, comptabilise à elle seule une avance de trésorerie de plus de 50 000 euros début 2013, ce qui représente 5 % du budget communal. Aussi lui demande-t-elle quelles mesures elle compte prendre afin de remédier à ces problèmes de gestion, partagés par la plupart des structures opératrices, qui handicapent l'outil de préservation et de développement durable que Natura 2000 devrait être pour nos territoires.
Certaines collectivités, dont la commune de Guissény rencontrent des difficultés administratives et financières, notamment du fait de la nécessité pour les communes d'avancer le financement de l'animation des sites Natura 2000, de la longueur des délais pour percevoir le remboursement de l'État et de la complexité des procédures. L'animation des sites bénéficiant de cofinancement européens du fonds européen agricole pour le développement rural (FEADER), la procédure d'instruction administrative des dossiers et de délégation des crédits est strictement encadrée sur le plan administratif et comptable. Les manuels de procédure (notamment pour la mesure 323A) définissent précisément les modalités d'instruction et de contrôle. Les services de l'État ont néanmoins conscience des difficultés financières induites par les délais de versement des crédits et travaillent à les réduire, conjointement avec l'Agence de service et de paiement (ASP). Ainsi, , au sein de la direction régionale de l'environnement, de l'aménagement et du logement (DREAL Bretagne), un recrutement exceptionnel a été effectué en 2013 pour permettre d'accélérer la mise en paiement des crédits européens.
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