La taxe de séjour est gérée par les ordonnateurs, donc par les collectivités locales, et recouvrée par le réseau des comptables de la DGFiP, selon une organisation assez similaire à celle qui fonctionne pour d'autres impôts, notamment les impôts d'État, avec, d'une part, un service de gestion, et, d'autre part, un acteur en charge du recouvrement.
Les contrôles sont menés par les élus locaux, par l'intermédiaire d'agents commissionnés, nommés par eux et qui effectuent ce que l'on appelle les rappels, mis en recouvrement auprès du comptable de la collectivité locale.