Au début de nos travaux, les relations avec la Cour des comptes n'ont pas été faciles. Puis, les textes ont été modifiés, la Cour s'est réorganisée et la coopération entre la Cour et le Comité s'est révélée excellente et empreinte de la meilleure ambiance possible. Cependant, il faut relever que le Comité, appelé à porter, en toute liberté, un jugement politique, ne peut être lié par les informations et les conclusions de la Cour. D'ailleurs, les rapports de la Cour ne trouvent pas, parfois, un écho satisfaisant, comme l'illustre le cas du dernier rapport public annuel. Enfin, il faut souligner – c'est l'un des intérêts des réflexions menées au sein du Comité – la possibilité, pour chaque rapporteur d'un sujet d'évaluation, de tirer des conclusions différentes à partir d'analyses communes. Cette méthode de travail se distingue tout à fait de celle utilisée par les magistrats de la Cour.