Que ce soit « un projet de licenciement collectif ayant pour conséquence la fermeture d'un établissement », ou à l'inverse « la fermeture d'un établissement ayant pour conséquence un projet de licenciement collectif », cela me paraît signifier à peu près la même chose, même si, comme vous, j'ai été troublé à la première lecture de cette formulation.
Ce qu'il faut bien comprendre, c'est que, dès lors qu'il y a une fermeture d'établissement avec ou sans projet de licenciement « sec », il y a au sens du code du travail un projet de licenciement, ce qui entraîne l'application de toutes les dispositions de l'article 13 et donc de toutes les protections qui y sont liées.
Vos craintes concernant la rédaction de cet alinéa n'ont donc pas lieu d'être.