Contrairement aux instituts et écoles extérieurs régis par les articles L. 715-1 à L. 715-3 du code de l'éducation modifiés par l'article 33 du projet de loi, les grands établissements disposent d'organes de gouvernance particuliers qui n'ont pas été remis en cause par la « loi Savary » du 26 janvier 1984 sur l'enseignement supérieur. Ainsi, les décrets statutaires de ces établissements prévoient, selon les cas, que l'organe délibérant est assisté d'un ou plusieurs conseils dotés de compétences soit facultatives soit décisionnelles. À défaut de création d'un conseil académique tel que prévu par le projet de loi, ce mode de gouvernance propre à chaque établissement ne saurait être remis en question en confiant obligatoirement les compétences du conseil académique – et donc de ces conseils – au conseil d'administration ou à l'organe en tenant lieu. Il serait par ailleurs paradoxal que la loi reconnaisse que ces établissements peuvent bénéficier de règles particulières d'organisation et de fonctionnement, mais que les compétences des organes institués par décret soient dévolues par la loi au seul conseil d'administration, ce dernier disposant alors de la faculté de les consulter ou non et de tenir compte ou non de leur avis. La rédaction actuelle impliquerait donc de modifier la plupart des décrets statutaires de ces établissements pour les mettre en conformité avec la loi.