L'alinéa 6 de la section 1 de l'article 38 mentionne un territoire « qui peut être académique ou inter académique ». Dans ce dernier cas, il est indispensable de permettre à une ou plusieurs régions dont relèvent les académies de s'associer au contrat pluriannuel. À titre d'exemple, un PRES peut aujourd'hui regrouper plusieurs régions.