Les autorisations d'exploitation commerciale doivent être compatibles avec les orientations du SCoT. Il arrive pourtant que certaines soient accordées pour des projets qui ne sont pas dans ce cas. Il paraît dès lors nécessaire que l'établissement public responsable de l'élaboration et de la mise en oeuvre du SCoT exprime de façon systématique son accord préalablement à la délivrance de ces autorisations.
Cette disposition est d'autant plus nécessaire qu'il y a un problème de représentation de l'établissement public en charge du ScoT au sein des CDAC : lorsque son président est également maire, le préfet peut désigner un remplaçant sans lien avec cet établissement.