Il faut également prendre en considération le fait que les coûts de gestion du secteur mutualiste tournent autour de 17 % à 20 %, alors que ceux de l'assurance maladie se limitent à quelque 4 %. Or il est impératif que l'argent public consacré à l'ACS soit utilisé au mieux. C'est pourquoi ce dispositif doit s'accompagner d'une rationalisation de ces coûts dans le secteur mutualiste.
La création par Mme Aubry de la CMU-C avait donné lieu à un débat sur les organismes qui devaient la gérer. À l'époque, la sécurité sociale avait demandé la possibilité de créer à cette fin une complémentaire à son régime obligatoire, en raison précisément de ses coûts de gestion notoirement inférieurs à ceux du secteur mutualiste. Cette considération n'est pas sans intérêt quand l'écart atteint quinze points !