La création de l'Institut agronomique et vétérinaire de France résulte des conclusions de deux rapports : le rapport Chevassus-au-Louis, sur la création d'un pôle agronomique national, et le rapport Martineau sur celle d'un institut vétérinaire réunissant les quatre écoles spécialisées françaises. Les deux soulignent la nécessité d'une coopération entre établissements français pour éviter une dispersion des financements vers de trop nombreuses filières de recherche et de formation et pour maintenir la France en bonne place dans la géographie mondiale de la recherche en matière agronomique et vétérinaire.
Pourquoi créer cet institut en lieu et place d'Agreenium ? Le statut d'établissement public de coopération scientifique de ce dernier ayant été supprimé par la loi d'orientation relative à l'enseignement supérieur et à la recherche, une évolution législative était de toute façon nécessaire.
En tout état de cause, l'IAVF se veut plus ambitieux qu'Agreenium : il comptera plus d'écoles – notamment en raison de l'adhésion obligatoire des écoles publiques –, et son champ de compétence sera élargi – en particulier en matière de formation.