Comme cela a été souligné par l’Autorité de la concurrence dans un avis du 4 octobre 2013, les missions de l’EPIC de tête SNCF doivent être clarifiées afin d’assurer l’indépendance effective de SNCF Réseau. L’EPIC de tête SNCF ne doit pas pouvoir imposer à SNCF Réseau des décisions remettant en cause des dispositions du contrat entre l’État stratège et SNCF Réseau prévu à l’article 2 du projet de loi.
L’Autorité de la concurrence a également souligné l’importance d’appliquer les garanties d’indépendance de SNCF Réseau à l’ensemble des missions qui lui sont confiées par le projet de loi.