Une grande partie des ressources biologiques d'organismes supérieurs ou de micro-organismes sont étudiées ou utilisées par les institutions scientifiques à des fins de recherche. L'alinéa 43 renvoie à des dispositions spécifiques la définition des conditions d'accès et de partage des avantages de ces ressources. Ce report induit des incertitudes et une inégalité de traitement entre les ressources biologiques. Cela peut être préjudiciable à la réalisation de projets de recherche associant des ressources domestiques et des ressources « sauvages non apparentées », comme par exemple l'étude de symbioses entre plantes et micro-organismes, le texte n'indiquant pas si le scientifique aura à suivre une ou deux procédures d'APA. De plus, les cas d'exemption ne concernant pas les micro-organismes cultivables, notamment les espèces utilisées en microbiologie alimentaire, il convient de ne pas créer d'incertitude juridique sur ce que peuvent faire ou non les équipes scientifiques.