L'établissement de conventions avec les propriétaires de terrains pour la mise en oeuvre des mesures compensatoires est un élément clé du dispositif de compensation. Les agriculteurs pourront ainsi contribuer à l'action pour la biodiversité en en tirant une rémunération et cela les mettra à même d'intégrer des cahiers des charges écologiques dans leurs processus de production.
Comme il s'agit d'une procédure contractuelle, il appartient au maître d'ouvrage ou à l'opérateur de compensation qu'il a désigné de trouver, en cas d'interruption, toute mesure de substitution adaptée à la préservation de la biodiversité.