Les sociétés qui bénéficient du crédit d'impôt recherche sont soumises, en cas de contrôle fiscal, à une vérification de l'administration fiscale, mais également à une expertise scientifique du ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche. La vérification opérée par le contrôleur des impôts est contradictoire, alors que l'expertise du ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche ne l'est pas. Pourtant, l'avis du ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche sur la validité scientifique des travaux de recherche ouvrant droit au CIR est systématiquement suivi par l'administration fiscale.
Il nous semble donc fondamental de garantir les droits de l'entreprise contrôlée en rendant également contradictoire la procédure d'expertise sur le volet recherche-développement menée par le ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche. Cette évolution majeure est particulièrement souhaitée par les entreprises, notamment par nos petites et moyennes entreprises évidemment moins bien armées que les grandes pour faire face à l'administration fiscale.
En effet, les contrôles se sont multipliés ces deux dernières années. On le comprend aisément ; cependant nos PME, championnes de l'innovation, voient régulièrement leur montant de crédit d'impôt recherche remis en cause lors des expertises menées par les agents du ministère de l'enseignement supérieur et de la recherche.