La création de la BPI fait courir un risque de conflit d'intérêts : Oséo, qui prête de l'argent aux entreprises, et le FSI, qui participe à leur capital, seront réunis dans le nouvel organisme. Alors que, conformément à un engagement du Président de la République, le Gouvernement présentera bientôt un projet de réforme bancaire visant à séparer les activités de dépôt et de marché, pourquoi les fusionner dans la BPI ? Prévoit-on des mesures propres à éviter des dysfonctionnements ?
Le deuxième risque que courra la BPI est celui du chantage politique. Largement associée aux régions et proche des acteurs économiques locaux, elle prendra 90 % de ses décisions au niveau décentralisé. Dès lors, on peut craindre que l'octroi de prêts dépende parfois de critères politiques, comme nous en avons connu plusieurs exemples par le passé ; il en est ainsi du projet Skylander, aujourd'hui en redressement judiciaire, qui avait été financé à hauteur de 100 millions d'euros par la région Lorraine. Une procédure garantira-t-elle l'indépendance politique des décisions régionales de la BPI ?
Si la BPI intervenait en concurrence frontale avec les banques commerciales et sans concertation avec elles, des affaires similaires à celle du Crédit lyonnais ne risqueraient-elles pas de se reproduire ? La nouvelle banque ne devrait-elle pas exercer un simple rôle de facilitateur de crédit ? Comment s'articuleront ses activités avec celles du secteur privé ? Quel pare-feu envisage-t-on ?
Enfin, avec 42 milliards d'euros, le financement de la transition écologique risque d'être insuffisant. La fondation Nicolas Hulot, auprès de laquelle le Président de la République s'était engagé à faire de la BPI la banque de la transition écologique, estime qu'il faudrait investir plus de 60 milliards par an pendant les dix ans qui viennent.