Il ne faut pas confondre la dotation complémentaire versée en fonction du score et le contrat d'amélioration des pratiques, qui peut être signé en l'absence de conformité avec le référentiel national, cette conformité étant appréciée au moyen d'indicateurs dont les valeurs limites seront fixées par décret. Les CME sont évidemment impliquées dans le CPOM.
Le calcul du score ne faisant pas intervenir de valeur limite, les amendements n'ont pas de sens : le score agrège des indicateurs afin de déterminer le rang d'un établissement et, par suite, la somme qui lui sera versée.