La difficulté vient du fait que la RTT a souvent été mal négociée, par des partenaires sociaux peu formés et parmi lesquels les femmes étaient sous-représentées. C'est ainsi que l'alinéa de la loi Aubry I consacré à l'articulation entre vie professionnelle et vie personnelle a souvent été oublié.
Un autre problème est lié à la perte de temps commun au sein de l'entreprise, c'est-à-dire à ce temps de rencontre, de réunions et de concertation que la RTT a fortement rogné.
Enfin, une étude récente sur le temps de travail des hôtesses de caisse dans la grande distribution a montré que plus elles avaient d'autonomie dans l'organisation de leur temps de travail, dans le respect évidemment des contraintes auxquelles est soumise l'entreprise, plus les tensions diminuaient. Il faut donc proposer aux salariés cet autonomie ou, à défaut, leur fournir les services leur permettant de pallier les aléas horaires.