Les animateurs sont désignés par les armées et formés pendant trois jours. Lors de la rénovation de la JDC en 2014, tous les animateurs ont été convoqués pour bénéficier d'une journée d'information sur le nouveau programme et ses attendus pédagogiques, de façon à transmettre le bon message.
L'indemnité d'enseignement qui leur est versée n'est pas propre au ministère de la Défense, mais concerne tous les fonctionnaires qui dispensent des cours. Elle représente, pour les animateurs de la JDC, 53 euros par animateur et par jour ; cette somme limitée permet de motiver les militaires dont le coeur de métier n'est pas d'enseigner.