Depuis la loi de finances pour 2002, un financement budgétaire est fléché en faveur des syndicats, de l'ordre de 19 millions d'euros par an. Toutefois, on observe encore des financements de la part des chambres d'agriculture, plutôt sous forme d'achat de prestations ou encore de subventions. Lors du contrôle en Midi-Pyrénées, nous avons constaté des financements directs ou la mise à disposition de moyens auprès de la fédération départementale des exploitants agricoles (FDSEA) ; la cour de discipline budgétaire et financière a sanctionné ces manquements. À l'occasion des contrôles, nous examinons cette question et nous faisons les observations qui s'imposent.
S'agissant de la tutelle et dans la mesure où les chambres d'agriculture ne sont pas des établissements publics comme les autres, le contrôle de l'État se rapproche plus du contrôle de légalité qui s'exerce sur les collectivités locales que de tutelle proprement dite. Il s'agit principalement d'un contrôle budgétaire.
En Bretagne, une seule préfecture, celle du Morbihan, contrôle les actes de l'ensemble des chambres consulaires relevant de la région. Cette spécialisation permet d'assurer un suivi plutôt satisfaisant.