L'analyse de la part des indemnités journalières complémentaires versée par les employeurs est en effet essentielle à la compréhension du système des indemnités journalières, sur lequel la MECSS a demandé une communication à la Cour des comptes à la suite de l'instauration controversée de la journée de carence dans la fonction publique dans le projet de loi de financement de la sécurité sociale (PLFSS) pour 2012. Le sujet, en effet, est encore mal cerné : en plus d'une dépense dynamique, on constate des disparités entre les territoires et les prescriptions.
Des propositions seront donc formulées dans le rapport de la mission, en particulier sur l'égalité de traitement de cette prestation, nombre de travailleurs étant encore exclus du droit aux indemnités journalières.