Pour ce qui concerne la fiscalité, la Cour ne recommande pas de l'alourdir. En revanche, elle constate que les efforts devraient être mieux répartis entre les secteurs émetteurs, afin qu'ils ne pèsent pas uniquement sur l'industrie. Dans le secteur des transports, par exemple, l'abandon de l'écotaxe impose a minima de revoir les taux de la taxe spéciale sur certains véhicules routiers. De plus, la Cour préconise de poursuivre le rééquilibrage entre la fiscalité sur le diesel et la fiscalité sur l'essence. Enfin, le secteur agricole pourrait contribuer au financement du dispositif de surveillance de la qualité de l'air, par exemple grâce à l'instauration d'une taxe sur les pesticides.
Dans les secteurs agricoles et résidentiels, on peut également agir par le biais d'un durcissement de la réglementation, éventuellement accompagné d'un dispositif d'aides financières. À ce titre, le fonds « Air Bois » mis en place dans la vallée de l'Arve est une formule intéressante.
Nous insistons également sur le fait qu'il ne faut pas uniquement prendre en compte les émissions de CO2 mais également les autres polluants, particules fines et dioxydes d'azote. D'où l'intérêt d'imaginer des aides ou des taxes modulées en fonction de la norme Euro à laquelle sont soumis les véhicules.
Enfin, plusieurs rapports de la Cour ont établi que le principe pollueur-payeur n'était pas appliqué partout. Cela peut sans doute expliquer que les émissions d'ammoniac, essentiellement liées à l'agriculture, sont celles qui ont le moins diminué – moins 2,9 % – depuis vingt ans. Or ce n'est pas une fatalité puisqu'aux Pays-Bas, elles ont au contraire très fortement baissé sur la même période, grâce à une politique extrêmement volontariste.