Dans le cadre du PIA, il ne s'agit pas uniquement d'augmenter les crédits ; la stratégie est essentielle. Le rapport initial de 2009 avait bien défini les priorités, à travers une réflexion non partisane qui a permis de définir des axes prioritaires d'investissement pour l'État, qu'on s'est ensuite organisé pour financer. La question est donc de savoir comment affecter des crédits à des axes prioritaires prédéfinis et comment vérifier que les crédits sont bien utilisés comme prévu, dans la durée. La Cour considère qu'on pourrait très bien le faire avec un programme budgétaire réellement interministériel placé auprès du Premier ministre, doté d'une vision globale de l'affectation et de la consommation des crédits. En effet, la particularité du PIA réside dans cette gestion interministérielle qui a permis, par exemple, de redéployer facilement des crédits de l'environnement vers la défense ou le transport – une opération qui aurait été plus difficile avec les procédures habituelles.