Le texte oppose également les collectivités locales entre elles, en prévoyant de transférer la gestion des espaces naturels sensibles aux régions, alors que les départements, forts de leur parfaite connaissance du territoire, mènent de vraies politiques de préservation de ces espaces, avec 200 000 hectares de nature et 4 000 sites protégés.
Jusque dans le détail du texte, on trouve des oppositions. Ainsi, l’article 17 quater, relatif à la composition des conseils d’administration des agences de l’eau, oppose inutilement les représentants des usagers non professionnels à ceux des secteurs de l’agriculture et de l’industrie.