Les ressources du Fongecif proviennent exclusivement des entreprises. Dans ce domaine, un changement majeur est intervenu au 1er janvier 2016. Jusqu'en 2015, le Fongecif assurait lui-même la collecte auprès des entreprises de la région. Depuis le 1er janvier, les entreprises versent leur contribution aux organismes paritaires collecteurs agréés (OPCA) ; le fonds paritaire de sécurisation des parcours professionnels (FPSPP) nous reverse ensuite notre quote-part régionale. Cette réforme n'est pas sans conséquence sur notre trésorerie : le décalage dans les dates de perception nous contraint, comme tous les Fongecif, à gérer pendant quelques mois une trésorerie négative
Autre changement notable, avec la refonte de la carte des régions, le nombre de Fongecif va passer de vingt-six à treize.
La gestion du Fongecif est exclusivement paritaire. Contrairement au FPSPP, il n'y a ni commissaire du Gouvernement ni représentation de la délégation générale à l'emploi et à la formation (DGEFP). En revanche, nous rendons des comptes au FPSPP et nous sommes soumis au contrôle de la Cour des comptes. Après un premier contrôle en 2008, la Cour est de nouveau dans nos murs. Le contrôle porte non seulement sur notre gestion des fonds, mais aussi sur notre rôle au sein du réseau du paritarisme.