Comme l'a souligné l'Académie nationale de médecine, légitimer l'alerte au détriment de l'expertise risquerait de faire passer la prise de décision politique avant l'évaluation scientifique. Si l'État en arrivait à prendre des décisions majeures sans s'appuyer sur les évaluations conduites par les structures d'expertise dont il dispose, il s'exposerait aux pressions idéologiques, partisanes et lobbyistes.