Le projet de loi donne déjà des garanties d'indépendance fortes dans la phase d'instruction menée par l'Agence anticorruption : le directeur est un magistrat hors hiérarchie de l'ordre judiciaire ; il ne reçoit pas d'instruction ; son mandat de six ans n'est pas renouvelable ; il n'est pas membre de la commission des sanctions.
Il s'agit ici de renforcer l'indépendance fonctionnelle du magistrat qui la dirige, en prévoyant l'inamovibilité de ce directeur pendant la durée de son mandat – sauf évidemment empêchement ou demande de sa part.